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盤點(diǎn)AI醫(yī)療中的技術(shù)進(jìn)展,下一步將是AI制藥

來源:博觀科技日期:2022-04-20 16:14:33

  AI的面世,伴生出了不少新興職業(yè),比如人社部和工信部日前就制定了六項(xiàng)新的國家職業(yè)技能標(biāo)準(zhǔn),人工智能訓(xùn)練赫然在列。但在AI技術(shù)的輻射下,這些訓(xùn)練工作也開始逐步滲透進(jìn)醫(yī)療行業(yè),醫(yī)療研究人員也開始學(xué)起了“煉丹”。


AI制藥


  醫(yī)療設(shè)備中的大算力


  今年秋季的GTC大會(huì)上,英偉達(dá)發(fā)布了Clara Holoscan醫(yī)療影像解決方案,大幅擴(kuò)展了GPU在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用。Clara Holoscan是基于英偉達(dá)AGX Orin打造的平臺(tái),集成了12核Cortex-A78AE CPU、2048核的安培GPU和2個(gè)NVDLA 2.0加速器,在15W至50W的功耗下,可實(shí)現(xiàn)200 TOPS(INT8)的算力。Clara Holoscan將醫(yī)療設(shè)備與邊緣服務(wù)器無縫橋接,并以此創(chuàng)建相關(guān)的AI微服務(wù),要求低延遲的應(yīng)用程序在設(shè)備上運(yùn)行,復(fù)雜任務(wù)則傳回?cái)?shù)據(jù)中心處理。


  超聲波彩色多普勒成像,也就是我們常說的彩超,是一種非侵入式觀察體內(nèi)血流的方法,可用于檢測動(dòng)脈或靜脈中的血塊。然而在掃描過程中,血流速度很可能會(huì)超過儀器準(zhǔn)確測量的速度范圍,因此生成的混疊偽影會(huì)阻止最終的可視化成像。


  而成像問題早就是AI應(yīng)用中老生常談的挑戰(zhàn)了,醫(yī)療領(lǐng)域也不例外。滑鐵盧大學(xué)的一組研究人員通過1000多張圖像訓(xùn)練了一個(gè)U-Net卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),用于檢測與去除偽影。他們將超聲波探頭接入us4us公司的開發(fā)的超聲波前端設(shè)備,再接入英偉達(dá)的Clara開發(fā)者套件,借助Clara Holoscan SDK、CUDA和Tensor RT等工具,識(shí)別出偽影部分后,成功在最終成像上消除偽影,還將FPS提高了一大截,從過去的每秒2幀提升到了每秒30幀。


  醫(yī)患保密協(xié)議,AI如何解決隱私問題


  人工智能技術(shù)已經(jīng)成功賦能了我們生活中的各行各業(yè),借助大數(shù)據(jù)和模型,我們已經(jīng)深受其益。但與此同時(shí),隨之而來的隱私問題不斷滋生,不僅是互聯(lián)網(wǎng)和金融領(lǐng)域,在醫(yī)療領(lǐng)域也是如此。這就為醫(yī)療領(lǐng)域AI模型的研究帶來了困難,因?yàn)獒t(yī)療研究人員不得向外界泄露任何病人隱私,必須保存在數(shù)據(jù)創(chuàng)建所在地。但不少研究都要用到不同地區(qū)或不同人種之間的數(shù)據(jù),所以只能走傳統(tǒng)的合作共享方式。


  聯(lián)邦學(xué)習(xí)是一種用于訓(xùn)練來自多個(gè)數(shù)據(jù)源的人工智能模型的方法,這種方法只會(huì)分享AI模型的權(quán)重,而不會(huì)將數(shù)據(jù)外傳。在做到數(shù)據(jù)共享的同時(shí),又能保持?jǐn)?shù)據(jù)匿名,從而消除了研究人員和機(jī)構(gòu)對(duì)數(shù)據(jù)分享與合作的抵觸。


  今天秋季,英偉達(dá)組織了全球最大的一項(xiàng)聯(lián)邦學(xué)習(xí)研究,研究人員使用了全球20多個(gè)機(jī)構(gòu)的數(shù)據(jù)來訓(xùn)練聯(lián)邦學(xué)習(xí)模型,將其稱為EXAM(EMR胸部X光AI模型),該模型使用生命體征、實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)和胸部X光作為數(shù)據(jù)輸入,來確定確診新冠病人未來所需補(bǔ)充的氧氣量。從上圖也可以看出,在輸入年齡這項(xiàng)參數(shù)時(shí),僅僅給出了最小值、最大值、平均值和標(biāo)準(zhǔn)差,并未透露任何具體的患者數(shù)據(jù)。


  英偉達(dá)于近日的RSNA21大會(huì)上開源了FLARE,一個(gè)開源可擴(kuò)展的SDK,可讓研究人員和數(shù)據(jù)科學(xué)家們對(duì)已有的機(jī)器學(xué)習(xí)和深度學(xué)習(xí)工作做適應(yīng)。FLARE代表的是Federated Learning Application Runtime Environment(聯(lián)邦學(xué)習(xí)應(yīng)用運(yùn)行時(shí)環(huán)境),這也是英偉達(dá)已有的Clara Train聯(lián)邦學(xué)習(xí)軟件所用到的底層引擎,這套軟件早已用于醫(yī)療成像、基因分析、腫瘤學(xué)和新冠病毒研究。


  美國AI醫(yī)療軟件公司Rhino Health已經(jīng)將FLARE集成到其聯(lián)邦學(xué)習(xí)解決方案中,馬薩諸塞州總醫(yī)院在使用這套方案后,直接用上了全球其他六大醫(yī)療機(jī)構(gòu)的數(shù)據(jù),開發(fā)出了一種更準(zhǔn)確針對(duì)腦動(dòng)脈瘤的AI模型。


  英偉達(dá)稱FLARE可以與現(xiàn)有的AI框架集成,比如已經(jīng)在醫(yī)學(xué)成像中獲得應(yīng)用的MONAI框架。此外,由于FLARE基于模塊化的架構(gòu),研究人員可以自行組建工作流,迅速嘗試不同的實(shí)驗(yàn)。


  放射治療中的醫(yī)學(xué)影像技術(shù)


  在如今的癌癥篩查、減少誤診和改善腫瘤識(shí)別與治療項(xiàng)目中,AI同樣賦予了強(qiáng)大的推動(dòng)力。在臨床醫(yī)學(xué)中,為了精確定位腫瘤的位置,醫(yī)生往往會(huì)在CT和MRI上來回檢視,花費(fèi)數(shù)十分鐘以上勾畫出腫瘤輪廓。該步驟對(duì)于放射線治療來說至關(guān)重要,如果勾畫的太小,放射線可能沒有覆蓋到整個(gè)腫瘤,給了腫瘤再度生長的空間,但如果勾畫的太大,又容易傷害到正常的組織。因此通過GPU加速運(yùn)算生成AI模型,就可以準(zhǔn)確在圖像中勾勒出腫瘤的邊界。


  過去許多研究機(jī)構(gòu)與治療中心的AI模型是在低分辨率的圖像上進(jìn)行訓(xùn)練的,借助英偉達(dá)提供的AI企業(yè)套件,其研究人員可以利用A100 Tensor Core GPU對(duì)高分辨率圖像進(jìn)行訓(xùn)練,如此一來生成的模型,在臨床醫(yī)生對(duì)病人進(jìn)行診斷時(shí),可以更好地定位腫瘤的大小和位置。不過AI并沒有起到取代醫(yī)生的作用,更像是作為CT掃描的替代方案,在治療當(dāng)天用其來優(yōu)化治療方案,驗(yàn)證放射治療的計(jì)劃。


  未來十年是AI與生物制藥融合的大好時(shí)機(jī)


  11月30日,在線上召開的“MEET2022智能未來大會(huì)”上,清華大學(xué)智能產(chǎn)業(yè)研究院院長張亞勤分享了“人工智能賦能生命科學(xué)”的觀點(diǎn)。在他看來,現(xiàn)在整個(gè)生物世界在走向數(shù)字化、自動(dòng)化,由于這些進(jìn)展,整個(gè)生命科學(xué)的生物制藥會(huì)更加快速、精準(zhǔn),更安全,更經(jīng)濟(jì),更加普惠。


  張亞勤表示,整個(gè)信息產(chǎn)業(yè),過去三十年最大的突破就是數(shù)字化。從內(nèi)容數(shù)字化到企業(yè)數(shù)字化,再到3.0物理世界的數(shù)字化和生物世界的數(shù)字化。“我們大腦身體、器官我們蛋白質(zhì)基因細(xì)胞分子都在數(shù)字化;另一方面,人工智能、算法、算力和系統(tǒng)快速進(jìn)展,使得大量的數(shù)據(jù)有使用的場所,同時(shí)人工智能也推動(dòng)生物試驗(yàn)的自動(dòng)化。”


  “人工智能算法,加速生命健康和生物醫(yī)藥的快速發(fā)展。”張亞勤表示,現(xiàn)在要開發(fā)新藥需要超過十幾年的周期,十億美元的投入,這個(gè)遇到很大瓶頸,AI正在改變這么一種狀況。


  張亞勤認(rèn)為,人工智能和生命科學(xué)方面盡管有很多可以合作的地方,但是也有很多壁壘,兩個(gè)行業(yè)是兩類不同的語言體系,兩類不同的科學(xué)家,未來很重要的是,怎么樣能把這兩個(gè)行業(yè)無縫連接起來。現(xiàn)在整個(gè)生物世界在走向數(shù)字化、自動(dòng)化,也包括智能的科學(xué)計(jì)算,像分子動(dòng)力學(xué),包括薛定諤的方程,都會(huì)和AI相輔相成。“另外計(jì)算方式,包括人工智能,包括數(shù)字驅(qū)動(dòng)等,機(jī)器原理可以快速的幫助我們解決生命健康的一些問題。由于這些進(jìn)展,整個(gè)生命科學(xué)的生物制藥會(huì)更加快速、精準(zhǔn),更安全,更經(jīng)濟(jì),更加普惠。”


  “在整個(gè)AI+生命科學(xué)發(fā)展中也存在挑戰(zhàn),算法的透明性、可解釋性、隱私安全、倫理等問題,因此,未來十年是整個(gè)生物制藥和人工智能融合的大好時(shí)機(jī),也是行業(yè)發(fā)展的最大的機(jī)遇。”張亞勤說到。


  “AI制藥”會(huì)將藥價(jià)降低嗎?


  “其實(shí)早在2007年,科學(xué)家就采用了基于計(jì)算機(jī)的細(xì)胞識(shí)別,即從顯微鏡下獲得細(xì)胞成像。”羅納德·韋爾說,在藥物研發(fā)中AI是不可缺少的輔助工具,例如,有時(shí)候人類沒辦法通過眼睛去檢查數(shù)目眾多的微小細(xì)胞,而通過訓(xùn)練計(jì)算機(jī),可以快速找到某種特定細(xì)胞,形成有價(jià)值的結(jié)論。


  在西醫(yī)領(lǐng)域,AI的觸角可以延伸至新藥研發(fā)的多個(gè)關(guān)鍵環(huán)節(jié),在中醫(yī)領(lǐng)域,AI的觸角同樣可以發(fā)揮作用。上海交通大學(xué)副校長毛軍發(fā)說:“諾貝爾獎(jiǎng)獲得者屠呦呦通過翻閱大量中醫(yī)文獻(xiàn)找到了青蒿素的藥物提取來源。但中醫(yī)典籍浩如煙海,讓人類逐本翻閱、分析,耗時(shí)長、效率低,如果讓機(jī)器‘讀古籍’,再借助大數(shù)據(jù)的有效分析,將會(huì)發(fā)現(xiàn)不少取材于中草藥的有效藥物。”


  “AI制藥已經(jīng)起航,它肯定能幫助人們提升尋找藥物小分子的效率、縮短合成路線,最終為新藥研發(fā)提供嶄新的途徑。”上海交通大學(xué)分子醫(yī)學(xué)研究院院長譚蔚泓說。


  如果“AI制藥”是大勢所趨,那藥價(jià)會(huì)隨之降低嗎?多位受訪專家表示,“AI制藥”有望從兩方面對(duì)降低藥價(jià)產(chǎn)生影響:一是,藥企不必將所有臨床試驗(yàn)失敗的成本轉(zhuǎn)嫁給消費(fèi)者;二是,通過加快新藥上市速度,企業(yè)可擁有更多專利保護(hù)年限,從而平衡研發(fā)成本。


  AI強(qiáng)勢挺進(jìn)傳統(tǒng)制藥行業(yè),前路究竟如何?業(yè)內(nèi)認(rèn)為這還需時(shí)間檢驗(yàn),因?yàn)槟壳斑€沒有一款A(yù)I研發(fā)的新藥被批準(zhǔn)上市。對(duì)于AI是否會(huì)最終取代藥物研發(fā)人員,受訪科學(xué)家的回答是:“AI不會(huì)取代藥物研發(fā)人員,但是使用AI的藥物研發(fā)人員將有可能取代那些不使用AI的人。”


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